北方的雨季集中在7月至9月，三个月的降雨量占到全年降雨量的一半以上，由于雨污合流制管网的设计特殊性，雨季对污水处理的终端——污水处理厂带来了很大的问题。雨季带来的影响主要有以下几个方面：
稀释进水浓度：在雨季，北方小城镇污水厂的进水量有1～1.3倍的增加比例。因此在雨季期间，旱季满负荷运行的北方城镇的污水厂的进水浓度有1～1.3倍的稀释，有时甚至达到2～3倍左右的稀释程度。在这样的稀释作用下，进水CODCr、BOD5、NH3-N，TP等指标都下降到原来正常水质的1/2到1/3左右。
增加进水泥沙含量：北方城市普遍存在植被面积小，裸露地面较多，风沙扬尘较多的情况，在雨季期间雨水对于路面上的尘土，裸露地面的泥沙都有强力的冲刷作用，降雨期间的雨水和污水量相互叠加下，管网内水量增大，流速加快，大部分泥沙、砾石都涌入到污水厂内，对污水厂造成很大的无机负荷压力。
增加污水厂水力负荷：在雨季期间，大量雨水进入到厂区集水井内，达到溢流管口，污水厂内的水位已经达到超过设计进水量的标准，水泵的净扬程缩小，流量增大，水泵的提升流量超过日常提升水量。污水厂内的各个处理构筑物的实际停留时间缩短，水处理设施的水力负荷增大到设计余量部分，污水厂处于超负荷运行的状态。
进水水质变化：由于大量的雨水混入到污水内，对污水原有的水质结构产生了很大的影响，例如：城镇雨水的酸性水质，会改变进水的pH值；由于雨水和部分河道的水涌入，夹杂了大量的空气中的氧气进入到污水内，会提高污水的DO值；空气中的氮和氨氮在降雨过程中会溶解到雨水中，造成水质的总氮氨氮升高；在雨水冲刷的道路路面，轮胎磨损造成的路面重金属的沉积，也会进入到污水厂内，导致污水厂进水的重金属超标。
这些影响可能会对污水处理厂造成的危害有：
1.进水泥砂，悬浮杂质过多，对预处理段造成很大压力；
2.进水浓度过低，微生物无法正常维持，严重时会导致整个活性污泥系统崩溃；
3.水力负荷过高，对活性污泥系统冲击很大；
4.高NH3-N，低pH、高DO改变微生物系统；
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